É a maior glória à Beira pelos monges Bernardos esta igreja, dentro de cujas abóbadas souberam aliar a riqueza a um requintado gosto artístico. Ergue-se ao sul das ruínas do extinto mosteiro. Pela admirável escultura e pelos seus quadros formosíssimos, azulejos e, históricos túmulos, é, sem dúvida, uma das mais notáveis do país. É monumento nacional.
A fundação deste templo data do princípio da monarquia(1157). A arquitectura do templo, tal como hoje se ergue no vale de S. João, obra do século dezasseis até ao princípio do século XVIII.
Interiormente, esta igreja é como um museu em que o fino gosto do seu recheio se alia à boa disposição das partes. Tem dez altares todos (excepto dois), da mais pura renascença. O seu coro de pau santo, e a teia de incrustações metálicas singelamente buriladas; o seu órgão de elegante e majestoso frontispício e um dos púlpitos, com docel cravejado de estrelas de metal, ladeando uma pomba, são joias raras.
O altar de N. S. da Piedade e o de S. Pedro, pelas suas belezas arquitectónicas, pela sua maravilhosa decoração e pelos quadros que os completam, devem ser os melhores deste templo, e dos mais notáveis do país. Como coroa escultural deste templo, dois ricos e artísticos candelabros pendem das abóbadas. Todo este conjunto a arte ali se afeiçoou.
     A luz coada dos pequenos vitrais e da enorme rosácea, banhando as formas brandas das imagens e o ouro dos altares, completa o ambiente místico donde parece sair uma voz doce que nos diz ali: «ajoelha e ora».
Como se estas lindas jóias, fossem poucas ainda, para fazer avultar esta obra, entre as elegantes colunas deste altar, avulta o célebre Políptico da Virgem. É obra do século XVI, de escola portuguesa de pintura antiga atribuído a Gaspar Vaz.
Quadro de S. Pedro. No altar do mesmo título, está o não menos célebre quadro de S. Pedro. É ele como a coroa e o vértice da Arte no templo dos monges Bernardos. É de pose majestosa a imagem de S. Pedro, o pincel deixou naquela tábua quinhentista, traços admiráveis de grandeza e virilidade e um acentuado naturalismo que nos recorda o génio de Gioto. O Santo, sentado num trono gótico-manuelino, revestido de pontifical e de tiara na cabeça, apresenta o gesto de abençoar, vendo-se num segundo plano, atravez de janelas abertas sobre a paisagem, duas cenas da vida do Apóstolo: à esquerda o encontro com Cristo quando fugia de Roma à perseguição(cena do Quo Vadis?); à direita, o chamamento ao apostolado.
No mesmo lado e ao fundo do transepto, no altar chamado do Desterro sobressai o grupo escultórico da Sagrada Família enquadrado num políptico executado cerca de 1650 e representando as seguintes cenas: Fuga para o Egipto, o menino com seus Pais, sonho de S. José e a matança dos Inocentes. Na nave lateral do norte impõe-se a pintura do Arcanjo S. Gabriel, obra de Gaspar Vaz, em tábua de castanho com as mesmas dimensões da de S. Pedro; e na frente do transepto, as imagens seiscentistas de S. Bernardo, S. Bento, S.ª Umbelina e S. António, as duas últimas provenientes das capelas da cerca. O retábulo do altar-mor, de boa talha joanina de cerca de 1702, enche o fundo da capela de paredes revestidas de azulejos alusivos à fundação do mosteiro, aparecendo a data errada de 1122 dada por Brito, em vez de 1152, por interpretação do X tracejado que valia 40 e não 10. São grandes painéis datados de 1718 e que se impõem pela sua elegância do traço e naturalidade das personagens.

Do lado do evangelho, S. Bernardo sonha que S. João lhe pede para fundar mosteiro em Portugal; e o Santo envia os monges com cartas para D. Afonso Henriques. Do lado da epístola, os monges aparecem num prado à busca do lugar para a fundação, e faz-se o lançamento da 1.ª pedra. A sacristia, do lado esquerdo, construida em 1710, apresenta também paredes azulejadas, paramenteiro com bons apliques de bronzes, um relicário vazio e oito painéis medíocres da vida de S. Bernardo.

OUTRAS OBRAS DE ARTE: esculturas da Virgem com o menino, policromada, do século XVI; Virgem grávida e um S. Gabriel, pequeno, de calcário branco, desenterrada no lado de fora da porta da igreja; S. João Baptista.Azulejos seiscentistas cobrem arcos e paredes das naves laterais. No braço esquerdo da transepto poisa a mole granítica do sarcófago do Infante D. Pedro, filho natural de D. Dinis, autor do livro das Linhagens, falecido na próxima aldeia de Lalim, em 1354. Sobre o colossal arcaz de granito, estende-se a majestosa estátua jacente do conde de Barcelos, varão hercúleo, de avançada idade, longas barbas aneladas, roupagens onduladas até aos pés, mãos empunhando uma espada. Numa das faces foi esculpida uma cena de caça: dois homens munidos de chuços e três molossos atacam um javali.

Motivo semelhante se acha reproduzido na arca tumular da esposa, D. Branca de Sousa, hoje guardada no museu de Lamego: cavaleiro a galope, de lança em riste, investe contra um javali, enquanto junto do animal ferido um moço vilão, com lança pronta, aguarda o resultado. Do recheio merece ainda referência o monumental órgão,com respectiva tribuna, encomendados em 1766 pelo abade D. Fr. Félix de Castelo Branco e que veio substituir outro ali instalado em 1711. Digna de nota a sumptuosa decoração em talha, os tubos dispostos horizontalmente e a particularidade duma personagem, sentada à frente da tribuna, de longas barbas e braços meio levantados. Sempre que o organista tocava, o boneco marcava o compasso com o braço direito e deitava a língua de fora.